Die Geschichte von Schondorf reicht bis in die Römerzeit zurück. Funde von Münzen und Töpferwaren deuten darauf hin, dass die Gegend bereits vor über 2000 Jahren besiedelt war. Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes stammt aus dem Jahr 751 unter dem Namen „Scondorf“. In den folgenden Jahrhunderten gehörte Schondorf verschiedenen Adelsfamilien, darunter den Grafen und späteren Herzögen von Bayern.
Im 19. Jahrhundert erlebte Schondorf einen wirtschaftlichen Aufschwung, insbesondere durch den Fremdenverkehr. Der Ammersee wurde zu einem beliebten Ausflugsziel für die Münchner Bevölkerung (Ostufer) und dem Augsburger Einfluss (Westufer), und Schondorf entwickelte sich zu einem beliebten Kur- und Badeort. Viele Villen und Sommerresidenzen aus dieser Zeit prägen noch heute das Ortsbild.
Heute ist Schondorf am Ammersee eine attraktive Gemeinde mit etwa 4000 Einwohnern. Der Ort ist vor allem für seine idyllische Lage am See, sein schönes landschaftliches Umfeld und sein vielfältiges Freizeitangebot bekannt. Der Höhenunterschied im Gemeindegebiet vom Seeufer bis zur St.-Anna-Kirche beträgt etwa 70 Meter. Am 1. Januar 1970 wurden die Gemeinden Ober- und Unterschondorf zusammengelegt.